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但是，過度依靠化學藥殺蟲防霉也引起了許多問題，如人畜累積毒、環境和糧食污染及害蟲抗藥性逐漸加強。有調查顯示我國40個糧庫所采集的米象、谷蠹、玉米象、鋸谷盜、赤擬谷盜和銹赤扁谷盜等６個品系的77個蟲樣，其中抗性蟲樣約占62％，主要集中在河北、湖北、四川和廣東等地。對于害蟲抗性的形成，研究者提出了許多理論，如基學說、變學說等，但大都認為多次使用同種藥劑會強化害蟲對藥劑的適應性。目前，因具有良好的擴散性、殺蟲效果好、操作簡單、成本低的優勢，我國約90％的糧庫采用磷氫熏蒸防治儲糧害蟲，其有的地位。
將不同水分（13.2％和14.0％）的玉米在不同溫度（20℃、25℃和30℃）條件下，采用持續充氮氣調、交替充氮氣調和常規方式儲藏了18個月，旨在研究不同氮氣氣調濃度（90％、95％和98％）和方式對玉米脂肪酸值的影響，結果顯示：在20℃～30℃時，氮氣濃度在90％以上或交替充氮氣調儲藏方式均可減緩玉米脂肪酸值的增加，連續充氮氣調儲藏方式對減緩玉米脂肪酸值升高的效果較好，而且充氮氣調儲藏啟封后，玉米的脂肪酸值不會受到影響。
比較空氣、氮氣、二氧化碳在研究了玉米使用不同氣體（空氣、98％Ｎ２、40％ＣＯ２）儲藏期間其品質變化規律，結果顯示：玉米98％N2和40％CO2氣調儲藏比常規儲藏有明顯抑制玉米品質劣變的效果，且CO2效果更顯著。大量研究表明，二氧化碳氣調儲藏的效果較氮氣氣調儲藏要好，但因二氧化碳不能現場制備，只有以購買獲得，所以其成本偏高，而氮氣來源簡單成本低，已在我國糧庫得到很好的應用。另外，對于二氧化碳氣調儲糧，有研究者提出，可將工業廢氣中的二氧化碳作為來源之一，既能得到二氧化碳，又能減少廢氣的排放，但這還需要大量研究和驗證。目前，仍有許多因素制約氣調儲糧技術的發展和應用，糧倉氣密性的好壞決定氣調儲藏效果優劣，雖然糧倉可經過改造達到密閉性要求，但增加了成本和勞動量。另外，該技術可造成低氧環境，對糧庫作業人員存在生命安全問題。
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